Okrem škodlivých látok sa v odpadových vodách nachádza nespočetné množstvo baktérií a vírusov. Preto sa dezinfekcia chlórom vo veľkej miere používa na ničenie baktérií a vírusov vo vode počas fázy odtoku vody z vodovodu a čistiarní odpadových vôd.
Pri úprave priemyselnej cirkulujúcej chladiacej vody sa chlór používa aj na sterilizáciu a odstránenie rias. V procese cirkulácie chladiacej vody dochádza v dôsledku odparovania časti vody k koncentrácii živín vo vode a k množeniu baktérií a iných mikroorganizmov, ktoré ľahko tvoria slizové nečistoty. Príliš veľa hlienových nečistôt povedie k zablokovaniu potrubia a korózii.
Chlorácia zvyčajne zahŕňa vstrekovanie chlóru do vody, aby sa zničili baktérie a iné mikroorganizmy, zvyčajne vo fľašiach s chlórom.
Aby sa zachoval baktericídny účinok, zvyškový chlór by sa mal vždy udržiavať na hodnote {{0}},5 ~ 1 mg/l vo vypúšťanej vode a na konci vodovodnej siete na hodnote 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.