Princíp dezinfekcie chlórnanu sodného zahŕňa najmä tri aspekty:
Hydrolýzou vzniká kyselina chlórna a kyselina chlórna sa ďalej rozkladá za vzniku nového ekologického kyslíka. Silná oxidačná vlastnosť nového ekologického kyslíka denaturuje látky, ako sú proteíny, na baktériách a vírusoch, čím zabíja patogénne mikroorganizmy.
Kyselina chlórna môže prenikať do baktérií (vírusov) a reagovať s organickými polymérmi, ako sú bakteriálne (vírusové) proteíny, nukleové kyseliny a enzýmy, čím zabíja patogénne mikroorganizmy.
Chloridové ióny produkované kyselinou chlórnou môžu výrazne zmeniť osmotický tlak baktérií a vírusov, čo spôsobí, že ich bunky stratia aktivitu a odumierajú.